Die Cap San Diego wurde von der Deutschen Werft AG, Hamburg für die Reederei Hamburg Süd 1961 als letztes Schiff einer Serie baugleicher Stückgutfrachter gebaut. Zusammen mit ihren fünf Schwesterschiffen bediente sie die Route Hamburg - Südamerika und transportierte u.a. Maschinen, Chemikalien und Automobile in Richtung Südwesten und Kaffee, Fleisch, Textilien, Süßöle und Fruchtsaftkonzentrat in Richtung Nordost. Die Flotte wurde auch als "Cap-San-Reihe" bzw. "Cap-San-Klasse" bezeichnet, weil der Name eines jeden Schiffs mit "Cap San" begann. Die sechs Schiffe wurden wegen ihrer eleganten Form auch Die weißen Schwäne des Südatlantik genannt.

In den 80er Jahren wurden Stückgutfrachter mehr und mehr von Containerschiffen verdrängt. 1986 stand die Cap San Diego schließlich zur Verschrottung an. Sie wurde aufgekauft, renoviert und an die Nutzung als Museumsschiff und Veranstaltungszentrum angepasst und liegt heute als Museumsschiff an der Überseebrücke in Sichtweite der Rickmer Rickmers und der Hamburger Speicherstadt. Sie ist bis heute seetüchtig und läuft jedes Jahr zur "Gästefahrt" nach Cuxhaven aus. Anlässlich der Hundertjahrfeier des Nord-Ostsee-Kanals (1995) nahm die Cap San Diego an der Schiffsparade als Repräsentantin Hamburgs teil. Seit dem 1. Dezember 2003 steht sie unter Denkmalschutz.