Der Name der Stadt ist von der gleichnamigen Burg Meersburg abgeleitet. Der geschlossene, wuchtige Baublock thront als Wahrzeichen am Bodensee hoch über der Meersburger Unterstadt. Die Meersburg, die nach alter Sage und einer Überlieferung aus dem Jahre 1548, im 7. Jahrhundert vom Merowingerkönig Dagobert I. gegründet worden sein soll, gilt als älteste, vollständig erhaltene und bewohnte Burg Deutschlands

Oben am Hang steht das Neue Schloss aus der Barockzeit. Bis zur Säkularisation waren die Burg Meersburg und das Neue Schloss Besitz der Bischöfe von Konstanz.

Stadtrecht erhielt die Gemeinde im Jahr 1299. Meersburg gehörte zum Fürstbistum Konstanz, dessen Residenzstadt es 1551 nach der Reformation auch wurde, da die Stadt Konstanz zum evangelischen Glauben übertrat. Mit dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 kam Meersburg, wie das gesamte Fürstbistum an das Land Baden.

Im Jahr 1972 wurde die Gemeinde Baitenhausen-Schiggendorf in die Stadt Meersburg eingemeindet.